Το μήκος της γονιδιακής επεξεργασίας με την παραδοσιακή τεχνολογία είναι ως επί το πλείστον μικρότερο από 5 kb και όσο μεγαλύτερο είναι το επεξεργασμένο τμήμα τόσο χαμηλότερο είναι το ποσοστό επιτυχίας.Επιπλέον, για να κατασκευαστεί ένα μοντέλο ποντικιού knock-in/knock-out μεγάλου μήκους με χρήση παραδοσιακών τεχνικών, τα χιμαιρικά ποντίκια πρέπει να εκτρέφονται και να εξετάζονται για 2-3 γενιές για να ληφθούν τα ποντίκια-στόχοι και η όλη διαδικασία διαρκεί περισσότερο από 10- 12 μήνες.
Τα πλεονεκτήματα της επεξεργασίας γονιδίων μακρών θραυσμάτων έγκεινται στην ικανότητά της να ξεπερνά ορισμένους περιορισμούς των παραδοσιακών μεθόδων επεξεργασίας γονιδίων.
